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Diagnostic visuel

• Le symptôme caractéristique du rhizoctone brun correspond à des amas mycéliens noirs appelés sclérotes (forme de conservation du champignon) qui sont bien attachés à la peau du tubercule. Ces sclérotes sont superficiels mais persistent sur le tubercule même après lavage

• Les sclérotes sont de couleur brun foncé à noire, de forme et de taille irrégulières. Ils peuvent être de petite taille et peu visibles à très volumineux, en relief à la surface du tubercule

• A la récolte, le mycélium de  R. solani de couleur marron peut parfois être observé à la surface des tubercules

Isolement du champignon sur des milieux de culture classiques amendés d'antibiotiques (malt/streptomycine, PDA/streptomycine, etc..) ou sur milieu sélectif ( milieu de Ko & Hora modifié) avec incubation  de 2 à 3 jours à 20 °C

   Sur les milieux de culture classiques (Malt, PDA), le mycélium de  R. solani est incolore quand il est jeune, il devient marron à maturité. Les sclérotes apparaissent plus tard, environ 7 à 10 jours après la mise en culture du champignon. Sur le milieu de culture spécifique, le champignon produit un halo marron foncé qui lui est caractéristique

Pour confirmer le diagnostic visuel de la colonie, l'observation du mycélium au microscope est possible. Les hyphes du champignon sont larges (5μm -10μm), de couleur brun à brun foncé. On le distingue par ses embranchements d’hyphes qui partent souvent en angles droits. Les hyphes sont divisés par des cloisons (septa) formant des cellules individuelles qui contiennent plusieurs noyaux

AG3 est le principal groupe d'anastomose (AG's) produisant des sclérotes sur les tubercules de pomme de terre. D'autres AG's (AG2-1, AG5) peuvent être associés au rhizoctone brun sur pomme de terre mais leur fréquence et leur agressivité sont moins importantes comparées à celles de l' AG3.

L'identification morphologique des groupes d'anastomose est possible parla méthode biologique de confrontation des isolats et observation microscopique de la fusion d'hyphes (méthode lourde et fastidieuse).

Les méthodes moléculaires: séquençage de l'ITS de R. solani, PCR avec des amorces spécifiques ou typage moléculaire par PCR-RFLP, etc...